1986 m. pabaigoje tarp Lietuvos katalikų prasideda charizminis atsinaujinimas – Atsinaujinimas Šventojoje Dvasioje. „Gyvųjų akmenų” bendruomenės ištakos glūdi pirmojoje Atsinaujinimo maldos grupėje, susibūrusioje Kauno mieste.

1990 m. pradžioje pradedame viešus evangelizacijos renginius. Sekminių žygio metu pirmą kartą prisistatome kaip „Gyvieji akmenys”. Po kovo 11 d., lankydamiesi JAV, užmezgame pirmuosius kontaktus su katalikų charizminio atsinaujinimo vadovais.

1990-1992 m. leidžiame Atsinaujinimo Šventojoje Dvasioje žurnalą „Gyvenimas šviesoje”.

1992 m. kovo 5 d. įkuriame Katalikų bendruomenę „Gyvieji akmenys”, įsipareigodami vieni kitiems kartu ieškoti Dievo valios ir gyventi „Gyvųjų akmenų” pašaukimu per bendrą maldą, mokymąsi, bendravimą ir misiją.

1993 m. pavasarį organizuojame pirmąsias dideles katalikų evangelizacijos konferencijas. Jas trijuose miestuose padeda pravesti JAV katalikų evangelizacijos komanda FIRE. Remiami JAV katalikų Atsinaujinimo tarnybų (Renewal Ministries), įkuriame „Gyvųjų akmenų” misijų padalinį – Evangelizacijos centrą.

1995 m. pradedame rengti Atsinaujinimo dienas – nuolatinius atsinaujinimo renginius, skirtus visiems tikintiems ir Dievo ieškantiems žmonėms.

1996 m. Kauno arkivyskupui Sigitui Tamkevičiui pritarus, Katalikų bendruomenė „Gyvieji akmenys” įregistruojama LR Teisingumo ministerijoje kaip tradicinė religinė bendruomenė, turinti juridinio asmens statusą.

1998 m. pradedame leisti kasdienių Švento Rašto mąstymų žurnalą „Žodis tarp mūsų” (The Word Among Us). Įkuriame „Gyvųjų akmenų” misijų padalinį – leidyklą „Gyvieji akmenėliai”.

2001 m. pradžioje Evangelizacijos centras tampa savarankiška Kauno arkivyskupijos institucija – Katalikų evangelizacijos centru. „Gyvųjų akmenų” bendruomenė toliau rengia Atsinaujinimo dienas, evangelizacijos misijas ir krikščioniško ugdymo programas.

2001 m. pradedame vykdyti „Gyvųjų akmenų” rekolekcijų sodybos projektą. Sodyboje organizauojame Sekminių šventes, bendruomenės rekolekcijas, jaunimo savaitgalius, vasaros stovyklas ir kitus krikšioniškus renginius.

2009 m. balandžio 26 d. „Gyvųjų akmenų” jaunieji bendradarbiai įkuria jaunimo maldos grupę „Dievo armija”, pasižadėdami kartu šlovinti Dievą, melstis, ugdytis ir evangelizuoti.